Stamcellen blijven aanwezig na de embryonale fase, zowel in foetale als in volwassen weefsels, hoewel hun relatieve aantal en, zo wordt gedacht, hun multipotentie afneemt met de leeftijd. Foetale weefsels zijn daarom een rijkere bron van -kwalitatief ook betere- stamcellen dan weefsels van volwassenen. Maar foetale stamcellen zijn weer minder multipotent dan ES cellen. Een belangrijk voordeel van foetale stamcellen boven embryonale stamcellen is dat het gebruik van deze cellen minder ethische bezwaren oproept, aangezien ze kunnen worden gewonnen uit foetussen die zijn geaborteerd om medische redenen, of door een miskraam.

Stamcellen van menselijke foetale hersenen zijn gebruikt om patiënten met de ziekte van Parkinson te behandelen en in sommige gevallen heeft dat bijgedragen aan een langdurige klinische verbetering. Ondanks dit duidelijke succes heeft gebruik van foetale stamcellen een belangrijk nadeel: het bronmateriaal is bijzonder schaars. Een aanvullende beperking is dat foetale cellen nagenoeg geen mogelijkheden geven voor patiënt-identieke therapieën (tenzij in utero technieken worden ontwikkeld, waarbij de foetus met eigen stamcellen kan worden behandeld). De mogelijkheden zijn dus beperkt, zowel wat betreft aantallen patiënten als soorten van ziekten. Het is niet waarschijnlijk dat foetale stamceltherapie een belangrijke bijdrage gaat leveren aan de strijd tegen ziekten.