Histonen kunnen de expressie van genen op een aantal manieren beïnvloeden. Ze kunnen, opgerold tot een klein balletje, DNA om zich heen winden als garen om een spoel. Op deze manier bepalen de histonen welke genen kunnen worden bereikt door de vele eiwitten die betrokken zijn bij de gen-activiteit, aangezien die moeten binden aan specifieke plaatsen op het DNA om hun werk te doen. Wanneer DNA opgerold is rond histonen is het namelijk moeilijker voor eiwitten om de genen te bereiken en eraan te binden. Als de spoel een beetje is afgewikkeld, wordt de toegang tot bepaalde genen veel gemakkelijker. Maar behalve dit oprollen en afwikkelen kunnen histonen nog veel meer invloed uitoefenen op de vorm en het uiterlijk van het genoom.

Elk histon heeft een klein staartje dat werkt als een soort cijferslot. De pinnetjes van het slot worden in dit geval gevormd door het toevoegen of verwijderen van chemische markeringen op de histonstaart. Verschillende combinaties van markeringen zorgen ervoor dat het DNA meer of minder toegankelijk is, en het gen meer of minder wordt ingeschakeld. Deze epigenetische cijfercombinaties verklaren niet alleen de controle over de genexpressie, maar ook hoe cellen kunnen ‘onthouden’ welke genen ze tijdens hun ontwikkeling hebben in- of uitgeschakeld.