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La sequenza genomica determina quali proteine un organismo è in grado di produrre, mentre il codice epigenetico regola dove e quando vengono prodotte le proteine. Il codice epigenetico include alterazioni chimiche del DNA, oltre che delle proteine istoniche ad esso legate. Francis ha scoperto un complesso proteico in grado di metilare una parte specifica dell'istone H3. Oltre agli studi sulla regolazione epigenetica, Francis sta sviluppando un'avanzata tecnologia di ingegneria genetica che consentirebbe di inserire, alterare e rimuovere geni dalle cellule. Questo approccio potrebbe essere applicato per esaminare il ruolo della regolazione epigenetica nello sviluppo di mammiferi, cellule staminali, patologie e invecchiamento.