La séquence ADN détermine les protéines qu’un organisme sera en mesure de produire alors que le code épigénétique se charge plutôt de spécifier l’endroit et le moment auxquels ces protéines seront fabriquées. Le code épigénétique comporte des modifications chimiques de l’ADN et des protéines histone qui se lient à l’ADN. Francis a découvert un complexe de protéines capable de méthyler une partie spécifique de l’histone H3. En plus de son travail sur la régulation épigénétique, Francis élabore des techniques de pointe en génie génétique pour insérer, modifier et enlever des gènes dans les cellules. Ces techniques servent à examiner le rôle de la régulation épigénétique dans le développement, les cellules souches, le vieillissement et certaines maladies chez les mammifères.