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La secuencia genómica determina qué proteínas pueden producir los organismos, mientras que el código epigenético a menudo regula dónde y cuándo se fabrican tales proteínas. El código epigenético incluye alteraciones químicas del ADN así como de las proteínas histónicas que se unen al ADN. Francis ha descubierto un complejo proteico que puede metilar una parte específica de la histona H3. Además de su trabajo en la regulación epigenética, Francis está desarrollando tecnologías avanzadas para la ingeniería genética, insertando, alterando y eliminando genes de células, que se aplican para examinar los diferentes papeles de la regulación epigenética en el desarrollo, células madre, envejecimiento y enfermedades en mamíferos.