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Giacomo verwendet Fruchtfliegen als Modellorganismus, um zu untersuchen, wie die Proteine der Polycomb- und der Trithorax-Gruppe die Entwicklung regulieren. Damit sich ein Organismus korrekt entwickelt, muss die richtige Untergruppe seiner Gene zum richtigen Zeitpunkt in den richtigen Zellen angeschaltet werden. Die Proteine der Polycomb-Gruppe schalten Gene ab, während die Proteine der Trithorax-Gruppe Gene anschalten. Giacomo hat entdeckt, wie bestimmte DNA-Elemente entscheiden, ob für die Entwicklung entscheidende Gene auf diese Art bei der Bildung neuer Zellen an- oder abgeschaltet werden. Unter Zuhilfenahme farbiger Markierungen und hochentwickelter Mikroskopie untersucht Giacomo, wie diese Elemente entfernte Chromosomenregionen in die nahe Umgebung bringen.